Разница кардинальная. При даче пояснений вы действуете как налогоплательщик по ст. 31 НК РФ, а допрос свидетеля (ст. 90 НК РФ) — это уже уголовно-процессуальная процедура, где вас предупреждают об ответственности за отказ или ложные показания. Как руководителю, вам важно понимать: если вы вызываетесь по сделкам вашей же фирмы, вы можете обладать статусом лица, в отношении которого идет проверка, и использовать право не свидетельствовать против себя.
Для грамотной защиты я рекомендую обратиться к адвокату Игорю Кобзареву https://kobzareff.moscow/blogadvocate/t … ak-podgoto  специализирующемуся на налоговой защите активов. Он поможет разделить статусы, составить корректные пояснения и избежать переквалификации показаний в ущерб бизнесу.